Khía cạnh di chuyển và chiến đấu trên thủy đã được hãng phát triển ứng dụng từ bản Black Flag vào phiên bản Rogue, người chơi nhập vai Shay Patrick Cormac điều khiển con thuyền Morrigan - có khung gầm thấp hơn tiện cho việc di chuyển trên sông ngòi[2][3]. Morrigan được trang bị thêm nhiều vũ khí thủy chiến như việc rải dầu trơn để sau đó đốt cháy và súng Puckle; bên cạnh đó quân địch trên tàu cũng có thể đổ bộ sang tàu Morrigan trong lúc giao tranh. Môi trường lạnh giá ở cực Bắc trong game cũng ảnh hưởng ít nhiều đến gameplay trên biển và việc khám phá ví dụ như con tàu Morrigan phải trang bị một mũi cắt băng để có thể di chuyển qua vùng biển bị đóng băng[4]. Các nhiệm vụ dùng chuông lặn để khám phá kho báu không tồn tại trong phiên bản Rogue bởi nước biển ở cực Bắc quá lạnh và người chơi có thể bị chết nếu không lên bờ kịp thời.[5]

Hãng phát triển cho phép người chơi sử dụng một loại vũ khí mới đó chính là súng hơi - một loại vũ khí dùng để hạ kẻ địch từ khoảng cách xa[6]. Súng hơi có thể bắn ra nhiều loại đạn khác nhau (pháo, khí độc,...). Người chơi còn được trang bị súng phóng bom - cho phép bắn ra đạn gém và nhiều loại đạn khác. Hệ thống chiến đấu cận chiến cũng được sửa đổi chút ít với việc đòn đánh của kẻ địch có thể bị né tránh nhưng chỉ trong một khoảng thời gian - được cho là giống series game Batman: Arkham. Người chơi sở hữu tất cả các kĩ năng mà các sát thủ trước trong dòng game đều có (ưng nhãn - Eagle Vision, trà trộn vào đám đông, trốn trong bụi cây, thực hiện các pha ám sát từ trên không)[7].Súng hơi của Cormac giờ đây có thể bắn ra được loại đạn hơi khí độc và nhân vật chính được trang bị một chiếc khẩu trang để đề phòng.

Phiên bản Rogue cũng cho phép người chơi thực hiện rất nhiều nhiệm vụ phụ và hoạt động khám phá (side missions and actitivies) - 1 điểm được cho là tương đồng với người tiền nhiệm Black Flag. Để phản ánh khía cạnh phản bội trong con người Shay Patrick Cormac, hãng sản xuất đã thêm vào các nhiệm vụ phụ liên quan đến việc ngăn chặn hoạt động của hội The Assassin (Assassin Interception Missions). Các nhiệm vụ phụ này có những nét tương đồng với các nhiệm vụ phụ ở các phiên bản trước chỉ khác ở chỗ thay đổi vai trò, giờ đây Cormac (một sát thủ dòng đền) sẽ chặn thư mật được vận chuyển từ một con chim bồ câu của hội Sát Thủ và giải cứu các đồng đội của mình trong hội khỏi việc bị ám sát bởi các sát thủ thuộc hội đối địch.

Nhân vật chính trong phiên bản Assassin's Creed: Rogue là Shay Patrick Cormac - một thanh niên 21 tuổi thuộc hội The Assassin nhưng khi sự nghiệp trở thành một sát thủ chuyên nghiệp mới chớm nở thì y đã nhanh chóng vỡ mộng và thất vọng với lý tưởng cũng như phương pháp của hội[6].Cormac dần hồi phản bội và thoát ly khỏi hội The Assassin sau một nhiệm vụ truy hồi mảnh táo Eden dẫn đến thảm họa động đất tại Tây Ban Nha.Về sau, Cormac gia nhập hội The Templar và tình nguyện trở thành một sát thủ chuyên truy lùng các thành viên của hội The Assassin sau khi thấy các chi nhánh cũng như đồng minh của hội The Assassin định lên kế hoạch khủng bố New York. Với tiềm lực và lực lượng dồi dào, Cormac trở mặt giết hại chính các đồng đội cũ của anh - gây nên hậu quả thảm khốc cho hội The Assassin ở khu vực Bắc Mỹ[8][9].Nhiệm vụ cuối cùng của Shay Patrick Cormac cũng chính là nhiệm vu đầu tiên của phiên bản Unity, Cormac giết hại Charles Dorian - bố của Arno Dorian (nhân vật chính trong phiên bản Unity)[6]. Các nhân vật khác xuất hiện trong game bao gồm Haytham Kenway - nhân vật phản diện chính trong bản III[7] và cũng là trùm hội The Templar, chủ hội The Assassin ở Bắc Mỹ Achilles Davenport - thầy của nhân vật chính trong bản III Ratonhnhaké:ton, Adéwalé - thuyền phó của đại hải tặc Edward Kenway và là nhân vật chính trong phiên bản DLC Freedom Cry[6].